3月9日當晚，船營區成立事件調查組開展調查。針對初步調查情況，3月10日，船營區教育局對春芽中東幼兒園下達臨時停園通知。

　　3月14日，市、區兩級疾控中心檢測結果顯示，送檢食物中有部分食物大腸菌群超標；組織7名專家對檢驗結果評估鑒定，認為調查程序正確，檢驗方法符合國家有關規定，流行病學調查數據真實可靠，醫療救治及時有效，患兒病情發展、臨床癥狀與樣品檢驗結果高度吻合，作出鑒定結論如下：當日食物中羊肉冬瓜湯和蔬菜粥大腸菌群超標，引起食源性疾病。

　　根據調查結論，吉林市食藥監局船營分局對船營區春芽中東幼兒園依法作出查處決定：決定給予五萬元罰款的行政處罰。同時，責令船營區春芽中東幼兒園立即進行整改，整改完成並經驗收合格後方可復園。

　　3月14日，有一名家長帶患兒自行到吉林大學第一醫院進行毒物檢測，結果顯示為『溴敵隆』呈陽性，信息傳播出去之後，部分家長提出檢測要求，鑒於吉林市不具備該檢測能力，3月16日下午，船營區相關領導帶隊，前往吉林大學第一醫院幫助協調有關事宜。同時，在吉林市中心醫院開闢綠色通道，對部分兒童進行采血送檢。截至18日下午4點，該園有150名幼兒和8名教職員工進行了檢測，有10名幼兒檢測出『溴敵隆』呈陽性。

　　針對『溴敵隆』檢測情況，食藥監部門於3月16日連夜將船營區春芽中東幼兒園飲用水、食品留樣，送往吉林大學第一醫院進行檢測。送檢的飲用水、食品留樣均未檢出『溴敵隆』成分。公安部門連夜介入調查。通過查封相關證據，擴大食物檢材提取范圍，對該園36名工作人員逐人詢問，調取監控影像資料等措施，未發現異常情況。

　　3月18日，國家衛生計生委高度重視這一事件，派出專家組到長春指導工作。3月19日，在國家專家組現場指導下，嚴格按照國家檢測規范要求，對吉林大學第一醫院提供的兩份峰值最高的『溴敵隆陽性』血液樣本進行平行復核檢測。當晚出具復查結論如下：

　　1、3月9日，發生在船營區春芽中東幼兒園的事件，兒童病情及食物鑒定結果，符合大腸菌群超標引起的食源性疾病特征，吉林省、吉林市處理得當。

　　2、檢測『溴敵隆』呈陽性兒童臨床表現、化驗檢查結果，均不符合抗凝血滅鼠劑中毒特征。

　　3、吉林大學第一醫院檢測中心出具的10例幼兒血液樣本，從檢測方法、程序及譜圖均不能做出『溴敵隆陽性』的報告。

　　4、經對吉林大學第一醫院提供的兩份峰值最高的『溴敵隆陽性』血液樣本進行平行復核檢測，結果均為：未檢出『溴敵隆』成分。

　　基於以上基本情況，專家組認為：船營區春芽中東幼兒園『溴敵隆陽性』事件為吉林大學第一醫院實驗室檢測錯誤所致。